《全国中小企业股份转让系统股票转让细则（试行）》明确提出，全国股转系统的交易机制将实施协议转让、做市商和竞价交易三种转让方式。新三板挂牌公司可以从中任选一种，三种方式互不兼容。但如果企业的需求变化，可以根据规定进行交易机制的更换。
一、协议转让：场外自由对接，通过报价系统成交
协议转让交易机制就是有投资人想要买你公司的股票，然后报了一个价格，之后你公司的股东看到了投资人的报价，认为比较合理，便联系了该投资人，经双方协商后完成股票转让。或者你公司的一位股东想要卖掉股票，报了个价，有投资人恰好想买，觉得价格也合适，然后双方联系达成交易。
总体来说，协议转让是买卖双方在线下直接洽谈，然后全国股份转让系统实现最终的交易。
对企业来说，协议转让可以更快、更多地吸收投资。如果公司的资金需求量大，定增、做市交易又面临着股东人数超过200人约束条件，这时候协议转让方式就发挥了它的优势。而且全国股份转让系统对挂牌公司股票转让不设涨跌幅限制。协议转让的交易方式
二、做市商制度：由券商提供买卖价格，与投资人交易
截至2016年12月13日，新三板市场共有做市企业1 645家，其中，仅创新层做市企业就有638家，占比38.7%。
中泰证券新三板分析团队表示，创新层做市企业已经走出了独立于三板做市指数的走势，即使在2016年8月新三板做市指数快速阴跌状态下，创新层做市指数也明显稳定。在交易额方面，中泰证券新三板分析团队称：“创新层公司名单正式公布后，创新层做市指数交易量相对新三板做市指数交易量已经明显提高，代表资金向创新层公司集聚，分层对于投资者的投资决策具有重要的指导意义。”
什么是做市商制度呢？做市商制度也叫作报价驱动制度，具体流程为：做市商构建做市股票的库存并给出买入和卖出价，投资人根据所报价位给出买单或卖单。也就是说，投资人发出卖出指令时，做市商用自有资金买入，增加库存；投资人发出买入指令时，做市商用库存股票执行卖出。如果出现库存股票不足的情况，做市商需要向其他做市商购买。做市商调整做市股票双向报价的依据是市场情况。《全国中小企业股份转让系统做市商做市业务管理规定（试行）》第二条规定：“所称作市商是指经全国中小企业股份转让系统有限责任公司（以下简称全国股份转让系统公司）同意，在全国中小企业股份转让系统（以下简称全国股份转让系统）发布买卖双向报价，并在其报价数量范围内按其报价履行与投资者成交义务的证券公司或其他机构。”
对新三板挂牌企业来说，选择合适的做市商对企业融资能力有着重要影响。那么，企业如何选择合适的做市商？创业者需要看作市商的三个方面，如图所示
不同的做市商对挂牌公司价值的认知能力是不同的。做市商的估值研究能力越高，挂牌公司越是能够最大程度上发挥自我价值。做市商的持仓量越大，对自身资金实力的要求越高。挂牌公司可以按1∶1的持仓量配置交易资金评判做市商的资金实力是否足够强大。就像用户要求企业，企业也应当用同样的眼光审视做市商。一般情况下，做市商的人才储备与服务水平可以通过口碑表现出来。
三、竞价交易：公开竞价，确定证券买卖价格
关于新三板竞价交易制度，新三板英雄会创始人李浩称：“集中竞价交易是证券交易所内进行证券买卖的一种交易方式，目前我国上交所、深交所均采用这一交易方式。一般来讲，是指两个以上的买方和两个以上的卖方通过公开竞价形式来确定证券买卖价格的情形。在这种形式下，既有买者之间的竞争，也有卖者之间的竞争，买卖各方都有比较多的人员。集中竞价时，当买者一方中的人员提出的最高价和卖者一方的人员提出的最低价相一致时，证券的交易价格就已确定，其买卖就可成交。” 截至2016年年底，竞价交易的技术准备、制度准备正在有序开展，预计在2017年上半年择机推出。
业内人士指出，新三板竞价交易系统已经开始自测，之后券商可能参与测试。据悉，竞价交易最初设定的门槛会比较高，股东人数在50人以上，股本在3 000万元以上的企业很可能率先参与竞价交易。由于竞价交易尚未实行，这里不再多说。
